隨著觀光發展，台灣各地的自然資源和生態逐漸面臨管理與保護的挑戰。例如，一些潮間帶被納入保育管理，需要解說員帶領並收取觀光保育費，然而收費後遊客卻轉向免費的景點，帶來了保育費收取的困難。同樣地，北投的溫泉業發展蓬勃，但酸性溫泉水排放至河川，造成水質酸化，影響生態，學術界和環保團體紛紛要求改善。再如宜蘭南澳地區的沙灘車活動，雖然極受歡迎，但卻帶來環境破壞和生態傷害，並且缺乏相關法律規範，地方政府難以有效管理。中央政府已提出沙灘車管理指引草案，並啟動稽查，但如何平衡觀光發展與生態保護，仍是各界關注的焦點。