醫院財報下的祕密特別報導，深入探討在台灣健保制度下，醫院必須在醫德與營運的兩難中找到平衡的困境。一般人都會以為醫院賺的錢應該都來自醫務收入，但其實在台灣很特別，醫院最主要的盈餘是來自業外收入，像是醫院委外經營美食街和停車場所收的租金收入。 台灣的健保便宜，給付給醫護人員專業技術的費用並不高，醫院在醫療本業經營困難，於是醫院買藥賺藥價差，而自費項目更是很大的重要財源。 醫院營利以藥養醫、以醫材養醫，這些都因為健保目前還是以論件計酬為主，醫院盈餘則必須要靠醫師多做業績，或者是為病人創造更多自費需求來維持。造成大醫院靠美食街、停車場和自費項目賺錢，而偏鄉醫院經營則越來越辛苦的現象。 醫院的設立除了私立醫院以及社團法人醫院具營利性質，其他像公立醫院，還有財團法人醫院都是屬於非營利性質。醫療財團法人是由捐助人，捐助一筆財產，而其在捐贈以及醫院營運時已享有很多稅賦減免，因此必須具有公益性。 台灣醫療財團法人目前有53家，全台19間醫學中心，有14間是財團法人醫院。但是，醫改團體根據醫院歷年財報分析發現，台灣一些財團法人醫院與母企業集團的關係交易十分密切，有的透過承租的方式，有的是利用捐款，還有是去購買並持有母企業的股票，使一些財團法人醫院儼然成為財團的小金庫。